Я-Наташа, я бы их для начала пересадила в крупную кору в горшочки с большим количеством боковых дренажных отверстий. При пересадке нужно удалить плохие корни, под "попу" растению положить кусок пенопласта. Мхом сверху не накрывать и в горшок его добавлять не нужно. И самый на мой взгляд важный момент, дальнейшее содержание растений продолжать под хорошим искусственным освещением. Вентилятор и увлажнитель воздуха - это конечно хорошо, но они не заменят чуткого обращения с растением...
Я бы обработала противогрибковым, пятна тёмные, кажется, что грибок и уменьшила влажность. Скажите, пятна не растут? И как у вас с освещением? Про не ухоженные растения, я, тоже не поняла, если бы не пятна, то замечательные фаленопсисы.